无公害农产品的农业生产过程控制主要是农用化学物质使用限量的控制及替代过程。重点生产环节是农药和肥料施用，病虫害防治要以不用或少用化学农药为原则，强调以预防为主，综合防治。肥料施用强调以有机肥为主，以底肥为主，按土壤养分库动态平衡需求调节肥量和用肥品种。在生产过程中制定相应的无公害生产操作规范，建立相应的文档、备案待查。　　 

    1、科学用药。一是要对症下药防治污染；二是要抓住时机，及时用药；三是要适宜的农药剂型，正确的施药方法；四是要合理混用，交替使用，提高药效；五是要保护天敌和注意农药安全间隔期，一般收获前20天内禁止喷施化学农药。　　 

    2、农业防治的内容。一是要积极引进培育和推广优良品种；二是要调节播种期；三是要抓好种子处理；四是要合理间作、套种和轮作；五是要深耕和冬耕；六是要合理密植，加强通风；七是抓好嫁接育苗，如黄瓜利用黑籽南瓜作砧木嫁接育苗，可防止枯萎病的发生；八是要清洁田园，加强水肥管理。　　 

    3、生物防治的内容。生物防治是利用有益的生物消灭有害的生物的病虫害防治措施，它包括以虫治虫、以菌治虫，以病毒治虫，以菌治菌，以病毒治病毒等，目前生物农药很多，如BT乳剂、农抗120等。　　 

    4、物理防治。利用光、温、器具等进行防治病虫害的措施称为物理防治，如在温室大棚中利用40—　50℃　的高温防治瓜类霜霉病；利用银灰色薄膜避蚜防病毒；夏季闲棚高温进行土壤消毒；利用粘虫板、诱虫灯杀虫等。　　 

    5、无公害农作物施肥措施。（1）重施有机肥。有机肥肥份低、养分全、肥效迟、供肥时间长，可以提供农作物所需的各种养分，增强土壤养分的缓冲能力和保肥能力，防止和延缓土壤有盐渍化的过程；能改善土壤微生物结构和理化性能，增加土壤的通透性和透水性；改善土壤微生物生存环境，增加微生物的种类和活性，促进各类微生物均衡生长。（2）科学平衡使用化学肥料，要根据农作物作物的需肥规律、土壤养分状况、肥料的特性，在施用有机肥的前提下，提出氮、磷、钾及钙、镁等微量元素的适宜配比和相应的施肥技术，提倡使用专用肥和生物肥（根瘤菌类肥、固氮菌类肥、解磷菌类肥等），收获前20天内禁止使用化学肥料。