有机茶的认证程序，一般必须经过申请、检查和颁证这三个阶段，有的情况下还要进行预检。

    1.预检　申请者选定茶园基地后，自行采样预检。样品采集要求多点采样，其中土壤样品要求采集0～40厘米土层的上、中、下3点；茶叶样品主要检测卫生指标，如铜、铅、十种农药残留等；土壤样品主要检测六种重金属元素。

    2.申请　①申请者向认证机构提出申请。②认证机构根据申请表所反映的情况决定是否受理。如同意受理，则书面通知申请人，并将全套调查表及有关资料发给申请人。③申请人将填好的调查表返回给认证机构。认证机构对返回的调查表进行审查，若没有发现明显违背有机茶标准的情况，将与申请人签定审查协议。一旦协议生效并确认已经支付相关费用后，认证机构将派出检查员，对申请者的茶园、茶叶加工厂和贸易情况进行实地检查，并采集样品。④申请人应提供相关的证明材料，包括茶树生长、产量、投入物的用量和日期及使用方法、病虫害管理、修剪、采摘记录等；加工和销售记录，产品批号、入出库记录、运输记录等；土壤、鲜叶、商品茶分析记录等等。

    3.检查　①认证检查　认证机构受理申请后，要进行现场检查。要现场采集土壤样品和茶叶样品供检测。检查必须在生产季节进行。对茶园的检查面积不得少于申请颁证面积的1／3。②不通知检查　为了防止违背有机茶种植和加工的行为，保证产品符合有机茶质量标准的要求，保护消费者的利益，有时还进行不通知检查，也就是通常所称的“飞行检查”。