（1）有机（天然）食品的加工包括谷物食品、淀粉及其制品、果蔬制品、肉食制品、蛋制品、水产制品、乳及乳制品、食用油脂、食糖、糖制品及糕点、蜂产品、茶叶、罐头、饮料、酒、调味品、工业发酵、特殊营养品、棉麻加工、畜产品加工、饲料加工、其他土产品加工等。有机（天然）食品（包括有机农副产品）加工必须执行国家食品质量标准。

    （2）有机（天然）食品加工中的原料必需来自颁证的有机生产系统，它们在终产品中所占比例不得少于95%。原料的质量和等级划分执行国家食品质量标准。

    （3）有机（天然）食品加工过程中允许使用发酵有机体、维生素、草本植物、调料、增稠剂、天然色素和香料等辅助原料和添加剂。

    （4）在使用氢氧化钾作为番茄等食品去皮过程中的加工辅助剂时（加工辅助剂是指在食品加工过程中加入到食品中去，而在加工结束包装前能从食品中除去的物质），必须保证从原材料到终产品的PH不变和加工后的废水不污染环境。

    （5）用作有机（天然）食品加工的水质应符合要求。

    （6）加工过程中必须严格区分颁证、未颁证以及普通的原料，防止有机和普通原料混杂在一起。

    （7）来源不同的同种原料应采用相同的加工方法。如果有的有机原料在市场上无法购得，允许使用部分（不超过50%）普通的原料。所有的普通成分在出售时必须在产品包装上清楚地加以说明。

    （8）原料加工过程中，严禁使用辐射和石油馏出物。

    （9）必须严格按照国家食品卫生法的规定，使用符合卫生标准的加工工艺、方法、设备和用具等。

    （10）保持有机（天然）食品加工外部设施（库房、废物堆放场、老设备存放场、地面景观和停车场等）和内部设施（加工、包装和库房等）的环境清洁。采取生态和物理措施除苍蝇、老鼠、蟑螂和其它有害昆虫及其孳生条件。加工厂及其附属设施需远离有毒、有害场所。